Zimatlán de Álvarez, fue fundado por los años 1558 a 1560 por el ilustrísimo Sr. Obispo Fray Bernardo Acuña de Alburquerque,  a partir de esta fecha este pueblo creció rápidamente en importancia. Primero se llamó Tepetcimatlan que en español significa “Lugar en la raíz del Monte”,en zapoteco Guichihuio “Pueblo de guayabas”, ó Guixihuio “Monte de guayaba” predominando el nombre de Zimatlán que en español significa “Tierra de raíces”.

El primer gobierno fue el de la encomienda en el orden civil, siendo el C. Martín de la Mezquita, natural de Sevilla, el primer encomendado. Enseguida siguió Jerónimo de Salinas, natural de Zaragoza España. En el orden eclesiástico, Zimatlán fue gobernado por los frailes Dominicos, siendo el primer fraile Fray Luis de San Miguel, seguido de Fray Juan de Mata.

En 1825 se dividió el estado en ocho departamentos regidos por un gobernador; Zimatlán formó el tercer partido del primer departamento fue gobernado por un subprefecto teniendo bajo su jurisdicción 41 pueblos y 13 ranchos, el último subprefecto fue Don Eduardo F. del Campo en 1857. El 15 de septiembre de 1857 se publica la Constitución Política del Estado estableciéndose las Jefaturas políticas.

En 1862 dio inicio la construcción de las casas municipales. El 22 de enero de 1868 sin razón alguna en especial y sólo para honrar la memoria de Don Juan N. Álvarez, el Congreso del Estado presenta un proyecto para dar a Zimatlán el nombre de Villa Álvarez y concederle una feria anual, este proyecto fue aprobado el 4 de febrero de 1868.

Bajo el decreto numero 32 que a la letra dice: Artículo 1.- En lo sucesivo la cabecera del distrito de Zimatlán llevará el nombre de Villa Álvarez. Artículo 2.- Se concede a dicha Villa una feria anual de 5 días contados del 18 al 23 de enero. Artículo 3.- Los efectos ganados y frutos que se introduzcan y consuman en la expresada Villa durante la feria que se le concede, serán libres de los derechos que correspondan al estado, observándose la prevención del reglamento del 10 de junio de 1862.

Publicándose por el gobernador Félix Díaz el 7 de febrero de 1868. El 11 de mayo de 1870 siendo jefe político el Sr. José Serrano, a las 11:30 horas se registró un terremoto echando por tierra las casas municipales, la  cárcel y varias casas de la población. En abril de 1875 siendo jefe político el Sr. Pedro Solaegui, se empieza la construcción definitiva de la cárcel pública, conforme a un plano levantado por el Ing. del Estado E. Brachetti.

El Panteón municipal situado al noreste de la población, medía originalmente 133 metros de largo por 83 de ancho, al frente de la portada que mira al poniente existió una capilla consagrada a la Virgen de la Natividad, la cual quedó casi destruida por el temblor de 1931; según Martínez Gracida el panteón fue terminado en el año de 1878 y en 1910 se hizo una agregación.

La historia de Zimatlán es muy pródiga. En el siglo XIX la población ocupó un lugar preponderante y tuvo gran influencia política y económica, por ejemplo; en las postrimerías de 1925 hizo su aparición por primera vez en Zimatlán el camión, marcando con su llegada una etapa de decadencia para el comercio anteriormente magnífico. A principios de 1926 se estableció de manera formal la comunicación por medio de este transporte entre la población y la capital del Estado, establecieron dicho servicio los Señores Gilberto Osorio con su camión “Porfirio Díaz”, Moisés Brenán con “María Teresa” y Juan Corres con “El Progreso del Valle”.

En Zimatlán se mantiene la tradición de La Danza de la Pluma y ahí nació el General Ignacio Mejía. (4 de agosto de 1814 - 2 de diciembre de 1906) Sus padres fueron Don Manuel Cristóbal Mejía y Doña Eduviges Fernández Arteaga. El Gral. Mejía desempeño el alto mando como ministro de guerra y marina en la administración de los presidentes Juárez y Lerdo de Tejada; combatió a favor de la revolución de Ayutla; en la guerra de Reforma luchó por la causa liberal, teniendo un brillante papel en la defensa del pueblo en 1863. Durante la intervención francesa participó en el consejo de guerra que condenó a Maximiliano de Hamsburgo. Falleció en Teotitlán, Oaxaca, sus restos mortales descansan en la rotonda de los hombres ilustres.