El Valle de Tlacolula es una "casa antigua" de la humanidad en la Tierra. Se supone que el hombre prehistórico habitó este valle en virtud de que existían condiciones muy favorables, como fueron las cuevas que se encuentran cerca de Yagul y los expertos dicen que en el centro del valle existía un lago.

Recientemente se han encontrado vestigios de semillas de calabaza y maíz en la zona de Yagul, con una antigüedad de ocho mil años antes de Cristo, lo que implica que muy probablemente el maíz y la agricultura se nacieron en este valle, mucho antes que en el valle de Tehuacan en Puebla.

Actualmente se puede ver desde la carretera, en la desviación a la zona arqueológica de Yagul, a mano derecha sobre unas peñas, unas pinturas rupestres, testimonio de aquellos lejanos tiempos.

Este valle milenario forma parte del sistema de los llamados "valles centrales" del estado. De esta manera, con el valle de Oaxaca, donde actualmente se encuentra la ciudad, el valle de Etla, Zimatlán y Mihuatlán, el valle de Tlacolula se encuentra rodeado de un "mar de montañas", que conforman el llamado "Nudo Mixteco", pues en Oaxaca es donde se unen la Sierra Madre Oriental y la Occidental. Esta formidable e imponente muralla montañosa han permitido que las culturas oaxaqueñas se mantengan más aferradas a sus costumbres ancestrales.

El valle de Tlacolula ha sido asiento de la cultura zapoteca, pero ha tenido una relación muy estrecha con la cultura mixteca, además de que Mitla, Yagul, Dainzú y Lambityeco, que son las zonas arqueológicas del valle abiertas al público, han recibido permanentemente la visita de todos los pueblos que bajaban o subían por el continente, pues el valle de Tlacolula es un "corredor natural" un paso obligado entre Norte América y Centro América.